À la station de sports d'hiver de Gardsten, Lefranc et Jeanjean sont témoins d'une étrange poursuite entre deux voitures, qui se termine par la disparition d'un des conducteurs et l'incendie du véhicule. Victime à son tour d'un attentat, Lefranc apprendra que le disparu de la voiture incendiée est un scientifique qui tentait de monnayer à une puissance étrangère le «super virus» permettant la mise au point d'une redoutable bombe bactériologique. Une menace d'autant plus grave que l'auteur de l'enlèvement n'est autre qu'Axel Borg, qui s'apprête à démontrer la puissance de son arme en s'attaquant à Gardsten. Créé en 1965, Le Mystère Borg est chronologiquement, après La grande menace et L'Ouragan de feu, la troisième aventure de Lefranc.
